El Instituto de Biotecnología de la Facultad de Ciencias Biológicas,fue creado el 5 de diciembre de 2003, inició labores académicas y científicas en marzo de 2004, y es el primer Instituto de investigación nacional certificado con la Norma ISO 9001:2000.
Hoy en día, el Instituto de Biotecnología cuenta con 20 profesores, 10 de ellos miembros el Sistema Nacional de Investigadores y 10 con reconocimiento de perfil PRODEP, 5 asistentes de investigación y 8 técnicos en un espacio de 10 laboratorios de investigación, área de instrumental, ocho áreas comunes de apoyo a la investigación, una Unidad de Bioprocesos, una Unidad de Bioensayos, un auditorio, un aula y laboratorio de posgrado, una biblioteca, área de informática y área administrativa, lo que representa un total de 4,100 m2 de construcción.
El Instituto de Biotecnología es sede del programa académico de Doctorado en Ciencias con especialidad en Biotecnología, reconocido como de excelencia dentro del Programa Nacional de Posgrados del CONACYT, y de tres Cuerpos Académicos consolidados.